우주세기 0071년. 사이드 3, 문조 자치　공화국으로부터 탈출한지 3년.
지온 줌 다이쿤의 남겨진 자식들인 캬스발과 아르테이시아 남매는 짐바 랄과 함께 지구로 도망쳐 테아볼로 마스 집안에 기거하며 에드와우와 세일러라는 이름으로 평온하게 생활하고 있었다. 하지만 그들을 쫓는 자비 가문의 마수가 다시금 이들에게 다가오고 있었다….
이와 같은 시기, 사이드 3는 지온 자치 공화국이라 국가 명을 변경하고, 자비 가문이 실권을 장악하여 그 지배 체제를 다져가는 한편, 지구연방군에게 대항하기 위한 신병기, 모빌 워커 개발에 착수했다.